John Henry Clarke wurde an der Universität von Edinburgh ausgebildet. Dort machte er 1877 sein Abschlussexamen.

Clarke war ein Schüler von Richard Hughes. Als er sich aber mit den Verordnern von "Hochpotenzen", wie Thomas Skinner, anzufreunden begann, schlossen sich für ihn viele homöopathische Türen. Zu seinen besten Freunden gehörten James Compton Burnett, Thomas Skinner und Robert Cooper. Sie dinierten regelmäßig zusammen, und nach dem Tod von Cooper wurde diese Gruppe unter dem Namen "Cooper Club" bekannt.

Clarke war von 1885 bis 1998, also 29 Jahre lang, der Herausgeber der "Homeopathic World". Diese Aufgabe übernahm er dann wieder von 1923 bis zu seinem Tod 1931.

Dr. Edgar Whittaker sagt in der Homeopathic World 1932 über Clarke: "Clarke beschrieb später die anderen führenden Mitglieder des Cooper Clubs als die drei Personen mit dem allergrößten Einfluss auf die Entwicklung der britischen Homöopathie. 1901 schrieb er: 'Es ist sicher nicht übertrieben zu sagen, dass Burnett in den letzten 20 Jahren die einflussreichtste, gewinnbringendste und originellste Persönlichkeit in der Homöopahtie gewesen ist!' Clarke selbst war ein Arzt, bei dem man damit rechnen musste, dass er eine medizinische Enzyklopädie erstellen würde (was er nach einiger Zeit auch wirklich tat), die mit der von Hughes wetteifern würde."

Viele Jahre lang besuchte Clarke seine Patienten mit einer Pferdekutsche, von der es hieß, dass sie innen eher wie ein Büro aussah, weil der gute Doktor keine Gelegenheit missen wollte, um an seinen Büchern zu arbeiten. Noel Puddephatt kannte Dr. Clarke gut und erzählte des öfteren, wie Clarkes Bulldogge in seinem Praxiszimmer saß und beobachtete, was so vor sich ging.

Clarke sagte, dass die ganze Zeit, die er in seine umfangreiche "Praktische Materia Medica" investierte, nur dazu gut war, um ihm selber Arbeit zu ersparen. Er wollte all das Wissen, das er aus Hunderten von Quellen zusammengetragen hatte, an einem Ort zusammengefasst haben, wo er mit dem Finger draufzeigen konnte. Seine "Praktische Materia Medica" ist auch so wertvoll wegen der Arzneimittelbilder und der klinischen Erfahrungen, die er mit seinem eigenen klaren Stil jedem einzelnen Arzneimittel des Buches vorangestellt hat. Clarke hat allerdings alle Grade und Wertigkeiten der Symptome weggelassen und sie nicht durch unterschiedliche Satztypen kenntlich gemacht. Er sagte: "Ich habe die Grade weggelassen, weil alle Symptome wichtig sein können."

Er machte sich bei allen Treffen des Cooper Clubs ausführliche Notitzen und schrieb alles, was während des Essens gesagt wurde, auf. Seine "Praktische Materia Medica" ist voller Symptome, die mit (B) für Burnett und (RTC) für Robert T. Cooper als Quellenangabe versehen sind. Obwohl es schwierig ist, aus Burnetts eigenen Schriften etwas über seine Praxis zu erfahren, gibt Clarke in seiner "Praktischen Materia Medica" einen deutlichen Einblick in das Denken von Burnett.

Als man hin kritisierte, dass er eine so umfangreiche Arbeit verfasste, sagte er: "Ich habe noch nie ein Wörterbuch (im Englischen heißt seine Materia Medica "Dictionary" = Wörterbuch) gesehen, das zu viel Wörter enthält."

Als eifriger Autor hat er die Laienbewegung in der Homöopathie stark unterstützt. Viele seiner Bücher waren für unausgebildete Arbeiter und Laienverschreiber gedruckt worden, wie zum Beispiel sein "Prescriber". "Es war Clarke nicht so wichtig, dass eine Arznei von einem hochqualifiziertem Verordner verschrieben wurde. Hauptsache, die Arznei wurde nicht von jemandem gegeben, der gar keine Ahnung von Homöopathie hatte."

Dr. Tyler sagt über ihn: "Ein brillanter Autor. Er führte eine sehr scharfe Feder. Aber sein guter Einfluss wäre vielleicht größer gewesen, wenn er nicht so ungestüm gewesen wäre und ein wenig Nachsicht mit denen gehabt hätte, deren eigentliche Sünde die Ignoranz war. Die alte Schule wurde von ihm heftig angegriffen und verurteilt. Ignoranz war für ihn Sturheit, die man eher mit Knüppeln zu Wissen dreschen musste, als dass er verständnisvoll half und lehrte. Er war sich auf einem Gebiet so sicher, dass er kein Mitleid mit den Menschen auf der anderen Seite des Zaunes kannte. Kupplerei mit den Allopathen nannte er es, wenn man höflich zu Menschen war, die trotz allem unsere Brüder in der Heilkunst sind. Er stellte seine Fliegenfallen mit Essig auf."

Weil er zu de Zeit, als Hughes den Vorsitz inne hatte, von der British Homeopathic Society gemieden wurde, verweigerte er später die Ehrungen, die ihm von der Society angeboten wurden. In einem seiner Nachrufe heißt es: "Die Dinge entwickelten sich nicht so, wie er es erhofft hatte, und er verlor den Kontakt mit dem, was draußen vorging. Es war ein großer Kummer, dass er die letzten zehn Jahre seines Lebens in dem Gefühl verbrachte, dass ihn seine Kollegen fallen gelassen hatten und dass die Homöopathie weitergekommen wäre, wenn sie die Dinge so gesehen hätten wie er. Er beschuldigte beständig die Homöopathen, dass sie nur die Allopathen versöhnlich stimmen wollten."

Dr. Charles Wheeler berichtet, dass er nie den einen Fall vergessen wird, den er dankenswerterweise mit Dr. Clarke verfolgen durfte: "Der Fall war verzweifelt. Der Patient war ein armer Mann, aber Dr. Clarke suchte ihn vier Mal am Tag auf. Dr. Wheeler wurde hinzugezogen, um den Zustand der Lunge zu beurteilen. Er diagnostizierte bei dem Mann ein Empyem, dass in die Lunge rupturiert war, und der Eiter wurde über die Lunge ausgeschieden. Der Mann war in einem sehr verzweifelten Zustand, aber selbst als ihn Dr. Wheeler das erste Mal sah, war er für seinen Zustand ausgesprochen gut beisammen, was eine gewisse Hoffnung bezüglich der Prognose gab. Clarke brachte den Mann durch und er wurde allmählich gesund. Dieser Mann erhielt sechs verschiedene Arzneien am Tag. Jedes Mal wenn Clarke ihn sah, bekam er etwas anderes. Dr. Wheeler sah den Fall sechs Mal. Einmal bekam er niedrige Potenzen, dann die 30. Und etwa eine Stunde später wieder ein niedrige Potenz. Nichts konnte mehr zufrieden stellen, als die Fortschritte, die der Mann machte. Nicht lange danach wäre keiner mehr auf die Idee gekommen, dass dieser Mann jemals ein Empyem gehabt hätte."

Als er bemerkte, dass "Dr. Ruddock gezwungen war, sein Verlagshaus auf den bisherigen Fundamenten stehen zu lassen", gründete Clarke sofort seinen eigenen Verlag für seine Bücher: die "Homeopathic Publishing Company". Denn kein renommiertes Verlagshaus wollte etwas anfassen, das "offiziell unter einem Bannstrahl" lag. Die einzige Person, die etwas über Clarkes direkte Beziehungen bei der Gründung dieses Verlages wusste, war Leslie Speight, die letztes Jahr starb. Aber es scheint durchaus wahrscheinlich, dass Clarke wesentlich an der Gründung des Verlages beteiligt war, auch wenn er ihn nicht geleitet hat.

Clarke schrieb auch über andere Themen. Er schrieb über Diät und Lebenshaltung. Er war ein erklärter Gegner der Vivisektion.

Dr. Edgar Whittaker berichtet in der Homeopathic World 1932: "In späteren Jahren war er fasziniert von den Werken von William Blake und er schrieb zwei kleine Bücher über ihn. Er war wohl auf der Suche nach einem weiteren Schlachtfeld, diesmal mystischer und religiöser Natur. Er hasste alle Vorkriegsdeutschen und verabscheute alle Nachkriegsjuden, denn sie waren gegen England. Er war auf diesem letzten Schlachtfeld allerdings einfach deswegen erfolglos, weil er zu viele Freunde gewonnen hatte."

Clarke war Schatzmeister und Vizepräsident einer Vereinigung, die sich die "Britons" nannte. Später wurde diese Gruppe "The British Union of Fascists". Er schrieb in dieser Zeit fünf antisemitische Broschüren: The Call of the Sword (1917); England Under the Heel of the Jew (1918); Democracy and Shylocracy; White Labour versus Red, (1922); A Patriotic Fund to Fight the Hidden Hand (1923).

In einem dieser Bücher argumentierte Clarke, dass Preußen und Deutschland jüdische Nationen seien und dass der Krieg von den Juden finanziert werden würde, um die christliche Zivilisation in England zu unterwerfen.